פטריות (נבגים) וחיידקים (תאים) הם שני מחוללי המחלות העיקריים הגורמים לריקבונות של פרות וירקות. ההדבקות במחלה יכולים להתרחש במהלך הגידול, הקטיף והטיפול בתוצרת הקטופה, בזמן האחסנה, ההובלה, השיווק וגם בבית הצרכן.

עמידות הפרי והירק למחלות אחסנה נחלשת בעקבות ניתוקם מצמח-האם. במהלך האחסנה הממושכת חלה בתוצרת הקטופה שורה של תהליכים פיזיולוגיים המובילים להזדקנות הרקמות, ובמקביל להגברת רגישותם למחוללי מחלות.

במקרים רבים מקורם של מחוללי המחלות הוא בשדה. אך למעשה מחוללי המחלות נמצאים בכל המקומות שבהם עוברת התוצרת הקטופה מרגע הקטיף ועד לצריכתה או עיבודה. ההדבקה מתרחשת גם בשדה, והפתוגן (מחולל המחלה), הנמצא בשלבי הדבקה מוקדמים או רדומים, יגיע בתוך הפרי לאחסנה ויחולל את המחלה רק במהלך האחסנה הממושכת. הדבקת הפרי או הירק יכולה להיעשות גם בעת קטיפתו, או בכל אחד משלבי הטיפול שלאחר קטיפתו. התפתחות המחלה מותנית אפוא בהימצאות מחולל מחלה מתאים לצדו של הפרי או הירק ובמידת ריכוזו בסביבת הפרי. כדי שתתחולל מחלה מחוללי המחלות חייבים למצוא תנאים מתאימים לחדירה לתוך הפרי ולהתפתחותם, בכך להביא לריקבון הפרי. מחוללי המחלות יכולים לחדור לפונדקאי דרך פתחים טבעיים הנמצאים על פני הירק או הפרי (כמו פיוניות), דרך פצעים ושריטות הנגרמים במהלך הקטיף, או כתוצאה מנזקים פיזיולוגיים (נזקי קור, חום) או הזדקנות הפרי. התפתחות המחלה תלויה בתנאי הסביבה ומושפעת על ידי הטמפרטורה, הלחות היחסית, רמות החמצן וה-CO₂, החומציות, ונוכחות חומרי מזון על פני הקליפה. אולם ישנן פטריות שאינן זקוקות לפצע כדי לחדור לרקמת הפרי ולחולל מחלה.

צילום של עגבניות רקובות