קרינה אלקטרומגנטית יכולה לבצע עם חומר אינטראקציה במספר רב של מנגנונים.
חקר מנגנונים אלו מהווה שדה מחקר פורה, עם יישומים רבים.
נציין בעיקר את ההתפתחות שחלה בשנים האחרונות בחקר האינטראקציה של הקרינה האלקטרומגנטית עם מולקולות ביולוגיות שונות, והאפשרויות הגלומות בהנדסה גנטית (שינוי תכונות הגנים על ידי מניפולציות על מולקולות ה- DNA בתוך גרעין התא).
גם היישומים הרפואיים הרבים של הלייזרים ברפואה ובתעשייה מתבססים על חקר האינטראקציה בין קרינה אלקטרומגנטית וחומר. ככל שמחקר זה מתפתח, מתרבים יישומי הלייזר.
