יישום נוסף של לייזר הארגון בעין הוא בהפחתת לחץ הנוצר בעין כתוצאה ממחלת הגלאוקומה.

במחלה זו מופרעת הזרימה השוטפת של הנוזל בתוך העין, עקב סתימת הפתחים דרכם הוא מתנכז.

כתוצאה מכך, מצטבר הנוזל בעין תוך הגדלת הלחץ בתוך העין.

יצירת חורים מיניאטוריים (מעברים) בדופן חלל העין באמצעות לייזר, משחררת את הלחץ העודף ומחדשת את זרימת הנוזל.

הלייזר מאפשר ביצוע ניתוח מסוג זה ללא כל מגע פיזי, ללא חיתוך רקמות חיצוניות, כך שניתן לבצע את הניתוח ללא אשפוז החולה בבית חולים.