רמת החנקות (ניטרטים) באקוויפר החוף של ישראל נמצאת במגמת עלייה מתמדת. כבר עתה חלק משמעותי ממי התהום של האקוויפר אינו עומד בתקנים הבין לאומיים, ואף לא בתקן הישראלי של ריכוז חנקות. כך עולה מנתוני הדו"ח השנתי על מצב מקורות המים בישראל שפירסם השירות ההידרולוגי בחודש שעבר.
חנקות הן תרכובות חנקן וחמצן, והן אחד המזהמים העיקריים של מי התהום. מקור החנקות הוא בעיקר בדשנים חקלאיים, פסולת מסוגים שונים, והפרשות בעלי חיים. ריכוזי חנקות גבוהים מסכנים בעיקר ילדים.

על פי נתוני השירות ההידרולוגי ריכוז החנקות באקוויפר החוף עולה בכ0.5- מיליגרם לליטר מדי שנה. ריכוז החנקות הממוצע באקוויפר החוף מגיע כיום ל58- מיליגרם לליטר. זה פחות ממה שמתיר התקן הישראלי למי שתייה, אבל הרבה מעבר למה שמתירים התקנם בארצות הברית ואירופה.
פריסת הזיהום באקוויפר החוף על פי מפות השירות ההידרולוגי מראה בבירור קשר בין פעילות חקלאית, הכוללת שימוש נרחב בדשנים כימיים עתירי חנקות, לבין זיהום מי התהום. הצפון האקוויפר, בשטחים של ההתיישבות החקלאית הוותיקה, יש ריכוזים גבוהים במיוחד של חנקות. כך למשל, באזור השרון הדרומי מגיע ריכוז החנקות ל- 125 מיליגרם לליטר, והוא עולה בקצב של 2 מיליגרם בשנה.
ריכוז גבוה של חנקות במי שתייה (מעל 50 מיליגרם לליטר) עלול לשבש את אספקת החמצן לדם ולגרום למחלה שאחד הסימפטומים שלה הוא גוון כחול של העור. תופעה זו אף זכתה לכינוי "הילדים הכחולים", מאחר שהיא נפוצה בעיקר אצל ילדים. סימפטום נוסף של המחלה הוא קוצר נשימה. ממשרד הבריאות נמסר שאין דיווחים על מקרים של מחלת הכחלת בישראל, אולם הפלשתינאים התלוננו בעבר שילדים במחנות פליטים בעזה סבלו מתופעות הקשורות למחלה זו.

בין המומחים יש חילוקי דעות עד כמה שכיחה מחלת הכחלת, גם לאחר חשיפה לריכוזים גבוהים של חנקות. אולם, התופעה מדינה מאוד את האמריקאים והאירופים, שעליהם מסתמכת ישראל כאשר היא קובעת את תקני איכות הסביבה שלה. דו"ח של השירות להגנת הסביבה מטעם האיחוד אירופי שהתפרסם לאחרונה מזכיר את החלת כאחת הסיבות להחמרת תקן החנקות במי שתייה באירופה.
סיכון נוסף הנשקף מריכוז חנקות גבוה במים הוא היווצרות תערובות של חנקות עםחומרי הדברה אחרים, שמגיעים למי התהום, בדומה לחנקות, לאחר שימוש חקלאי. חוקרים מאוניברסיטת ויסקונסין בארצות הברית דיווחו לאחרונה שתערובת של חנקות וחומרי הדברה עושיה לגרום לפגיה במערכת העצבים ובמערכת החיסונית של ילדים ועוברים. כמו כן נמצא בכמה מחקרים שחנקות יכולות ליצור, יחד עם חומרים אחרים, תרכובות הגורמות לסרטן. למרות זאת, עד היום נמצא הקשר בין חנקות לסרטן רק אצל בעלי חיים, ולא ברור אם הוא קיים אצל בני אדם.
החוקרים מאוניברסיטת ויסקונסין ציינו שהערכות הסיכונים המשמשות לקביעת התקנים מתבססות כיום על בדיקת כל חומר מזהם בנפרד. לדעתם, יש צורך לבדוק גם את רמת הסיכון הטמונה בתערובות של חומרי דישון והדברה.

עבר ישראל, ריכוז חנקות גבוה הוא בעייתי גם בגלל השפעתו האפשרית על ייצוא תוצרת חקלאית לאירופה. האיחוד האירופי מחמיר בהתמדה את הדרישות הסביבתיות שהוא מציב למדינות המייצאות תוצרת לשטחו, וזה כולל גם החמרת תקני החנקות שבהן נדרשות לעמוד מדינות המוכרות תוצרת חקלאית לאירופה.
הדרך היעילה ביותר לטפל בבעיית החנקות היא צמצום השימוש במזהמים או מניעת הגעתם למי התהום לאחר השימוש. תוכנית אב של האגף לאגרו-אקולוגיה של המשרד לאיכות הסביבה שהתפרסמה בשנה שעברה, קובעת שכיום יש שימוש בזבזני בחומרי דישון בישראל, בעיקר בגידולי חממה.

תוכנית האב ממליצה לפתח ביחד עם החקלאים שיטות לניצול יעיל יותר של דשנים, ולקבוע היטלים על רכישת דשנם כדי לצמצם את השימוש בהם. הצעה אחרת היא להשתמש בדשנים חדישים המשתחררים באיטיות בקרקע או לדשן את הגידולים בחומרים שהופקו ממיחזור פסולת אורגנית. כמו כן מומלץ להגביל את השימוש בדשנים באזורים שבהם יש סיכון גבוה לזיהום האקוויפר. המשרד לאיכות הסביבה אף פירסם מפה של האזורים הרגישים באקוויפר, שמעליהם יש להימנע מפעולות הגורמות לזיהום.
חלק מהמומחים סבורים שישראל אולי איחרה את המועד לטיפול בבעיות הזיהום. פרופ' דן זסלבסקי מהטכניון, שהיה בעבר נציב המים, טען במסמך שפירסם לאחרונה על משק המים שייתכן שאין כל דרך להבטיח את איכות מי השתייה אלא באמצעות סינון, עם זאת זסלבסקי ציין שאם נותרו עדיין חלקים של האקוויפרים שבהם רמת הזיהום נמוכה, חשוב לשמר אותם כמאגר חיוני לאספקת מי שתיה באיכות טובה בישראל.
זסלבסקי שלל את מפת האזורים הרגישים שהכין המשרד לאיכות הסביבה, וטען שלכל הקרקעות בישראל הנמצאות מעל מאגרי מי תהום יש כושר חלחול הגורם לזרימת מזהמים. הוא הוסיף בענין זה: "פירוש הדבר שבכל פינה בישראל, כל התשטיפים מערמות אשפה, כל הניקוזים של מי השקיה ודשנים, כל הזיהומים האקראיים הנפלטים ממבני מגורים ומאזורי תעשייה, כולם נקלטים במי התהום".