מבקרת המדינה הגישה השבוע דו"ח חריף על פעילות בתי הזיקוק ועל כשל בפעילות החברה בשמירה על איכות הסביבה
בתי הזיקוק כשלו בטיפול במפגעים סביבתיים ולא דיווחו לרשויות על כמויות המזהמים והשפכים שהמפעל פולט. כך נקבע בדוח מבקרת המדינה, המתייחס לפעולות החברה בתחום השמירה על איכות הסביבה. מהדוח עולה, כי בתי הזיקוק נמנעו במשך שנים מלנקוט בפעילות שתאפשר בקרה מהימנה בנושא פליטת החלקיקים המזהמים לאוויר וכי אין בידי המפעל מידע אמין בנושא הגזים הנפלטים מהמפעל. באפריל 92' הורה סגן השר לאיכות הסביבה לבתיה זיקוק להתקין עד לסוף אותה שנה מכשירים למדידת קצב הפליטה של גופרית דו חמצנית מהארובות של שלושה מתקנים. לטענת בתי הזיקוק, התקנת המכשירים והפעלתם התעכבה משום שהתאמתם לארובות היתה כרוכה בבעיות טכניות רבות. רק באפריל 97' התחייבה החברה בפני איגוד הערים להתקין ציוד מתקדם לקליטת החלקיקים, ובעוד שנה תוכל לקבוע את הטכנולוגיה המתאימה להקטנת כמותם.
עוד עולה מהדוח, כי במועד סיום הביקורת, אוקטובר 96', מתקני הטיפול הכימי-פיזיקלי להפרדת שמן ממים בשפכים, האמורים להיות מכוסים, היו חשופים ויצרו מטרדי ריח קשים. פגמים חמורים עוד יותר נמצאו בנושא הטיפול בשפכים באמצעות מתקנים המפרידים את המזהמים ממי הקיטור כדי שניתן יהיה לעשות שימוש חוזר במים. כתוצאה מהליך זה משתחרר גז המכיל תרכובות של גופרית ואמוניה, המועבר לשריפה בלפידים. כתוצאה מהגידול בפעילות החברה, לא הצליחה מערכת מיחזור המים לטפל בכל כמויות המים החמוצים, והמים שלא טופלו הוזרמו לנחל הקישון. בספטמבר 92' החליטה החברה להחליף בשני שלבים את הצנרת המוליכה דלקים לנמל הדלק. "ממסמכי החברה שהוגשו למבקרת המדינה עולה, כי מאוקטובר 93' ידעה הנהלת בתי הזיקוק שהצנרת שלא בשטח נמל הקישון במצב גרוע ושיש להחליפה היות שדופנותיה נשחקו והגיעו למצית מעוביין המקורי".
בינואר 96' הודיעה הנהלת החברה למבקרת המדיה כי לא הושג האישור מרשות הנמלים והרכבות ומנהלת נמל חיפה להחלפת הצנרת, ואילו הביקורת העלתה כי עד לאותו מועד התמהמה טיפול החברה בהשגת האישורים הנדרשים לצורך התחלת ביצוע העבודה.