מקרומולקולה (מולקולת ענק) הבנויה ממספר שרשרות פוליפפטידיות או משרשרת אחת.
שרשרת פוליפפטידית אחת בנויה מחומצות אמיניות הקשורות זו לזו בקשרים פפטידיים ברצף מסוים.

חלבונים בנויים מ- 20 סוגים של חומצות אמיניות.

המבנה התלת-ממדי של החלבון, ולכן גם פעילותו הביולוגית, נקבעים על פי זהותן של החומצות האמיניות הבונות את החלבון ועל פי מיקומן בשרשרת.
חלבונים אינם יכולים להיספג ממערכת העיכול לדם כמקרומולקולות; לשם כך נחוץ פירוקם לאבני הבניין שלהם (חומצות אמיניות).הדגם שלפניך מתאר מבנה תלת-ממדי של מולקולת חלבון הנקראת נוגדן. החומצות אמיניות המרכיבות את השרשרות הפוליפפטידיות מיוצגות בכדורים.

באיור זה רואים כי:
מולקולת הנוגדן כוללת ארבע שרשרות פוליפפטידיות: שתיים קלות (מיוצגות בצבע ירוק); ושתיים כבדות, האחת מיוצגת בכדורים בצבע אדום והשנייה בכדורים בצבע שחור.
החומצות האמיניות המרכיבות את השרשרות מיוצגות בכדורים.
נוגדנים נוצרים בתגובה לפלישת חומר זר לגוף (כמו חיידק) ומתקשרים אתו באופן ייחודי. התקשרות זאת:

• מנטרלת את פעילות החומר הזר ועושה אותו בלתי פעיל.
• מפעילה מערכות נוספות בגוף הגורמות להרס החומר הזר.

אתר הקישור אחראי לקשירת החומר הזר. מבנה האתר הזה תלוי ברצף החומצות האמיניות הבונות אותו. נוגדנים שנקשרים לנגיף א' יהיו בעלי אתר קישור שונה מנוגדנים שנקשרים לנגיף ב'.

לפניך קבוצה של מזונות עשירים בחלבון:

כאמור, ספיגת החלבונים מצריכה את פירוקם לחומצות אמיניות. תהליך הפירוק מתחיל בקיבה, על ידי אנזים הנקרא פפסין, ונמשך במעי הדק, על ידי אנזימים מפרקי חלבונים אחרים (כמו כימוטריפסין). התוצר הסופי של הפירוק – חומצות אמינו – נספג מחלל המעי הדק לדם.