- ברוב לייזרי הצבע תווך הלזירה הוא נוזל, תופעה המסבכת את הטיפול בלייזר.
- למולקולות הצבע יש תכונות דגרדציה (דילדול) כפונקציה של הזמן, כך שיש צורך בהחלפת תווך הלזירה.
- מקור העירור בלייזר צבע הוא לייזר אחר, כך שנוסף עוד סיבוך במערכת.
- חומר הצבע בלייזר הוא בדרך כלל חומר רעיל. בכך נוצרת בעיה גם בטיפול בחומר בזמן פעולת הלייזר, וגם בעיית הפסולת הנוצרת לאחר השימוש (כיצד להיפטר משיירי החומר מבלי לפגוע באיכות הסביבה).
