לכל אורך צינור העיכול (מהפה ועד פי הטבעת) מורכבות דופנות הצינור מארבע שכבות תאים, כמודגם באיור שלפניך:

השכבה המיוצגת בכחול (serosa) היא השכבה החיצונית. השכבה בחום (musculais) מורכבת משרירים ומקנה לצינור העיכול יכולת תנועה. תנועת הצינור מסייעת בערבוב המזון וכתוצאה מכך מוגבר המגע בין אנזימי העיכול לבין המזון המתעכל, דבר המאפשר את פירוקו המרבי של המזון. תנועת הצינור גם מגבירה את המגע בין תוצרי הפירוק של המזון לבין דופן המעי, ובכך מגבירה את ספיגתם מדופן המעי הדק למערכת הדם. השכבה המיוצגת בצהוב (submucosa) עשירה בכלי דם ולימפה. השכבה הפנימית ביותר מיוצגת בירוק בהיר (mucosa). המבנה והתפקוד של השכבה הזאת משתנים באזורים שונים של הצינור.
בדופן המעי הדק קיימות בליטות קטנות דמויות אצבע, המכונות סיסים (villi). הן מגדילות את שטח הפנים של דופנות המעי ובכך מייעלות את תהליך ספיגת החומרים מחלל המעי לדם.