מרכז המסה באטום הוא הגרעין שבו מרוכזת רוב המסה של האטום.

מרכז המסה של מולקולה (נקרא גם מרכז הכובד), נמצא בנקודה מסויימת במרחב, הנקבעת כך שיש סביבת התפלגות מסה אחידה.

לדוגמא, מרכז המסה של מולקולת מים נמצא בכוכב הצהוב: