א. מתן טיפול שנועד להחליף את הרכיב העצמי החסר. דוגמאות: עירויי דם תכופים לחולים הסובלים מאנמיה חמורה (חסר דם חמור); הזרקת אינסולין לחולים הסובלים מסכרת התלויה באינסולין. טיפול זה איננו משקם את מערכת החיסון הפגומה; הוא משלים חסר הנובע מפעילות לא תקינה של רקמות שנהרסו בתגובה האוטואימונית.
ב. מתן תרופות המדכאות באופן לא ספציפי את הפעילות של מערכת החיסון, כמו סטרואידים וציקלופוספמיד (cyclophosphamide). תרופות מסוג זה ניתנות לחולים שאצלם נפגעות מערכות רבות בגוף (כמו חולים הסובלים מדלקות במפרקים או מזאבת). אולם מכיוון שרוב שבטי הלימפוציטים במערכת החיסון של החולים במחלות אוטואימוניות תקינים, ורק קבוצה קטנה של שבטים "בגדה" והחלה לתקוף את הגוף, מתעוררת בעיה בגישה טיפולית זאת – החלשה של מערכת החיסון כולה. המגמה כיום היא לחפש דרך לדיכוי ספציפי של "התאים הבוגדים", כלומר לגרום לדיכוי התאים הגורמים לתגובה אוטואימונית.
ג. מתן אנטיגן המדכא באופן ספציפי את התגובה האוטואימונית. גישה טיפולית כזאת מתוארת בקטע שלהלן: קבוצת חוקרים בראשותם של מיכאל סלע ורות ארנון ממכון ויצמן בדקה ומצאה, שהזרקת מנות גדולות של פוליפפטיד סינתטי המורכב מהחומצות האמיניות אלנין, חומצה גלוטמית, ליזין וטירוזין – המכונה בקיצור "קופ- 1" – יכולה לשמש למלחמה בטרשת נפוצה. חזירי ים, ארנבות, עכברים, חולדות קופי רזוס ובבונים, כל אלה התאוששו במידה זו או אחרת ממחלה שתסמיניה דומים לטרשת הנפוצה (המחלה מופיעה בקרב חיות מעבדה ממינים שונים עקב הזרקה של MBP).

תחלופה נגישה לשאלות