נמצא, כי בחולי איידס מספר תאי ה- T הנהרסים גדול בהרבה ממספר התאים הנגועים בנגיף. עד היום לא ברור, מה גורם להרס הלימפוציטים שבתוכם לא נמצא נגיף ה- HIV. האם ההרס של תאי T הוא תוצאה של תגובה צולבת בין אנטיגנים נגיפיים לבין אנטיגנים המצויים בקרום התא של תאי T? ואולי הנגיף איננו הגורם היחיד למחלה? המחקר כיום עוסק במציאת תשובות לשאלות אלה.
במחלת האיידס הגוף חשוף למחלות זיהומיות שונות הנגרמות על ידי חיידקים, פטריות, נגיפים וטפילים שונים. ממחלות אלה מת החולה בסופו של דבר.
אחד המאפיינים למחלת האיידס הוא הופעה של סוג נדיר של סרטן, שנקרא קפוסי סרקומה (Kaposi's sarcoma). סרטן זה התגלה הרבה לפני הופעת האיידס; אולם תדירותו בקרב חולי האיידס גבוהה במיוחד. לאחרונה נערכים מחקרים רבים שמנסים לזהות, מהם החומרים שמגרים תאים בריאים ברקמות החיבור להפוך לתאי סרקומה. מחקרים חדישים טוענים, כי נגיף חדש ממשפחת נגיפי ההרפס מצוי בתאים סרטניים אלה וקשור – כפי הנראה – להופעת המחלה.
רוב חולי האיידס סובלים גם ממחלות עצבים ומפגיעה במוח.
