תורת החיסון המודרנית מנסה להשיב על שאלות עקרוניות המתמקדות במנגנון הפעולה של תאים ומולקולות במערכת החיסון, כמו:
– מהם המנגנונים שבעזרתם מגוננת מערכת החיסון על הגוף מפני פולשים זרים?
– כיצד נמנע גופנו מלייצר תגובה חיסונית נגד עצמו?
– כיצד "נשמר" במערכת החיסון זיכרון של תגובה חיסונית שנוצרה בעבר?
– מהו המנגנון שמבקר ומווסת את פעולת מערכת החיסון?
– כיצד מופעלים התאים הפועלים במערכת החיסון, או לחלופין, כיצד נהרסים התאים שאינם עוברים הפעלה ונוכחותם מיותרת?
– כיצד ניתן לנצל ידע זה לשם טיפול ומניעה של מחלות כגון איידס וסרטן.

כאן נדון בשאלות שהאימונולוגיה המודרנית עוסקת בהן. נדגיש את ההשלכות שיש לשאלות אלה על תופעות מרכזיות ברפואה, כמו מחלות אוטואימוניות, סרטן ואיידס.