ניתן לסנתז במעבדה מולקולות של פוליפפטידים, דמויי חלבון טבעי, ממספר קטן של חומצות אמיניות שונות (בחלבונים טבעיים ישנם 20 סוגים של חומצות אמיניות). יתר על כן, ניתן ליצור אותם על פי תכנון ולשנותם מבחינת המשקל המולקולרי, ההרכב של החומצות האמיניות, המטען החשמלי וכדומה. בסדרת מחקרים שנעשתה בסוף שנות השישים במעבדתו של מיכאל סלע במכון ויצמן למדע חוסנו חיות מעבדה באנטיגנים סינתטיים כאלה. מחקרים אלה סיפקו מידע רב באשר לגורמים התורמים לאימונוגניות ולספציפיות של אנטיגנים. כיום נערכים ניסויים קליניים במטרה לרפא על ידי אנטיגנים סינתטיים אנשים החולים במחלה קשה הפוגעת במערכת העצבים וגורמת סבל רב לחולה.