כאשר אנטיגן חודר לגוף, הוא נקשר רק לנוגדנים הספציפיים לו. לא כל מולקולת הנוגדן משתתפת בתגובת קישור זאת אלא חלק קטן ממנה. החלק שקושר את האנטיגן נקרא אתר הקישור. החלק באנטיגן שנקשר לאתר הקישור של הנוגדן נקרא דטרמיננטה אנטיגנית. על שטח הפנים של אנטיגן אחד מוצגות בדרך כלל דטרמיננטות אנטיגניות רבות ומגוונות,

איור 2.2: תיאור סכמטי של אנטיגן בעל דטרמיננטות אנטיגניות רבות. באנטיגן מודגשות הדטרמיננטות האנטיגניות בצבעים שונים. שים לב כי הדטרמיננטות האנטיגניות ממוקמות על שטח הפנים של המולקולה והן מהוות רק חלק קטן מכלל המולקולה. למולקולת הנוגדן (מיוצג בצבע אפור) שני אתרי קישור זהים לאנטיגן; לכן הנוגדן הוא דו – ערכי. נגד כל אחת מן הדטרמיננטות האנטיגניות נוצרו נוגדנים שונים.
המקור: איור 14.2 מתוך (1994) .Janeway, C.A. & Travers, P .

מכיוון שנגד כל אחת מן הדטרמיננטות האנטיגניות נוצרים נוגדנים שונים, הרי שאנטיגן אחד מעורר יצירה של נוגדנים רבים.

הדו – ערכיות של הנוגדן משמשת אותנו במעבדה; נוגדן מסוים יכול לקשור בו זמנית שתי דטרמיננטות אנטיגניות הממוקמות על שטח פני שני אנטיגנים שונים, ואז נוצר "גשר" בין שני האנטיגנים, כמודגם באיור 2.3

איור 2.3: א. תיאור סכמטי של אנטיגן בעל דטרמיננטות אנטיגניות רבות
ב. נוגדן (מיוצג בצבע אדום) עם שני אתרי קישור קושר בו זמנית שתי
דטרמיננטות אנטיגניות זהות הממוקמות על שטח פני שני אנטיגנים.
ג. נוגדן קושר אנטיגן ומתקבל צבר קטן (צבר מסיס).
ד. נוגדנים קושרים אנטיגנים ומתקבל צבר בלתי מסיס.

ואנטיגן, הנוגדן קושר בו זמנית שתי דטרמיננטות אנטיגניות זהות המצויות על גבי שני אנטיגנים שונים. בצורה כזאת נוצר "גשר" בין שני האנטיגנים (כמודגם באיור 3.2.ד) ונוצרים תצמידים (קומפלקסים). לעיתים בתגובה כזאת מתקבל צבר ששוקע. תגובה שבה נוצר משקע כתוצאה מתגובה בין אנטיגנים מסיסים לבין נוגדנים נקראת השקעה. תגובה שבה נצמדים חיידקים או תאים זה לזה באמצעות נוגדנים ויוצרים צברים גדולים הנראים לעין נקראת הצמתה. להשקעה או להצמתה יש חשיבות בזיהוי של אנטיגנים ונוגדנים במעבדה.

אתר קישור של נוגדן מסוים יכול לקשור דטרמיננטות אנטיגניות שונות; אבל זאת בתנאי שקיים דמיון במבנה שלהן. אם נוגדן מסוגל להיקשר לשני אנטיגנים שונים (לדוגמה, הנוגדן הספציפי לנגיף אבעבועות הבקר נקשר גם לנגיף האבעבועות השחורות), אומרים שבין האנטיגנים ישנה תגובה צולבת (cross reaction).