1. בתגובת אוטואימוניות, בדומה לתגובות חיסון נגד גורמים זרים, פועלות הזרוע ההומורלית ו/או הזרוע התאית של מערכת החיסון.

2. בבסיס המחלות האוטואימוניות עומדים מספר מנגנונים; ביניהם חשיפה של מערכת החיסון לאנטיגן מסוים בשלב שלאחר התקופה העוברית, תגובה צולבת בין נוגדנים ספציפיים לגורם מזהם לבין אנטיגן עצמי, חשיפה בכמות חריגה של חלבוני MHC על גבי תאים.

3. הוצעו מספר גישות לטיפול בחולים במחלות אוטואימוניות; ביניהן תרופות המדכאות את פעילותה של מערכת החיסון, חיסון עם תאי T ספציפיים לאנטיגן עצמי מסוים.