עד כה למדנו, שתגובת החיסון מגינה עלינו מפני מחלות זיהומיות. האם תגובת החיסון תמיד מועילה לגוף? מתברר שלא. תגובות חיסוניות נגד אנטיגנים שהם לרוב בלתי אלימים (כגון אבקת פרחים או חלב) יכולות לגרום נזק לאנשים רגישים לחומרים אלה. תגובות אלה נקראות אלרגיה. מקור המילה מיוונית: allo פירושו שונה ו- ergia פירושה עבודה; כלומר, התגובה כנגד חומרים אלה שונה מהמצופה. חומרים הגורמים לאלרגיה נקראים אלרגנים (gen פירושו מעורר, מחולל; alerg קיצור של אלרגיה). במצבי אלרגיה הפעולה המזיקה של מערכת החיסון יכולה להתבצע במנגנונים שונים. כאן נדון רק באחד מהם.