הוראת המודולות מלווה בהערכה, כדי שנוכל לבדוק את באיזו מידה עברו המודולות שינויים כדי להתאימן להוראה בכיתות בארץ, וכדי שנוכל לחקור מהן עמדות התלמידים כלפי למידת מדע וכימיה דרך מודולות פרסל.

כלי הערכה משלבים את השאלונים הבאים:

• שאלון למורה – בודק מהם השינויים שערכתם כדי להתאים את המודולה לכיתה
• שאלון לתלמיד – לפני התחלת הוראת המודולה
• שאלון לתלמיד – בתום הוראת המודלה מספר ראיונות עם התלמידים.