במעבדה לביולוגיה מולקולרית איתרו גן חדש. בתיבה שבתחתית הדף מופיע רצף הבסיסים של קטע מהגן.
ב"מאגר מידע" מקומי קיימים רצפי בסיסים של חמישה קטעי DNA שונים. החוקרים מחפשים דמיון בין הרצף שאותר ובין הרצפים במאגר המידע.
השוו את הרצף שלכם (רצף הבקשה) לכל אחד מהרצפים במאגר ואתרו את הרצפים הדומים לו. שני רצפים נחשבים דומים אם בשניהם מופיע רצף זהה של לפחות 10 בסיסים (ככל שהרצף הזהה ארוך יותר, כן עולה דרגת הדמיון).
- אילו מחמשת הרצפים דומים לרצף ה-DNA שלכם?
- איזה רצף הוא הדומה ביותר? נמקו את בחירתכם.
- סדרו את הרצפים הדומים בסדר יורד, מהדומה ביותר לפחות דומה.
קטע DNA שאותר במעבדה:
ATTGCGTAGAGCCTGAATC
קטעי DNA ב"מאגר המידע":
- ATTGATGATA ATTGCGTAGAGCCT
- ATTGCGTAGAGTAGCCTGAAT
- AATTTATATATAATCGCGCATATAAT
- ATTGGCTAGAGCCTGAATC
- AGCATAGTAAATTTATATATAATCGTAGAGATATATATCGC
מאגרי מידע של פרויקט הגנום מכילים מספר עצום של רצפים, קצרים וארוכים. תוכנת ה-BLAST הבסיסי יכולה להריץ את הרצף המבוקש אל מול כל הרצפים במאגרי המידע של הגנום האנושי וגנומים אחרים. ההשוואה נעשית, אם כך, אל מול עשרות-אלפי רצפים שונים, ארוכים הרבה יותר מהרצפים שבחנתם ב"מאגר המידע" הידני.
עדיין יש צורך להסביר "למה מחשב?"