על ידי שימוש ב-BLAST (Basic Local Alignment Search Tool – כלי חיפוש בסיסי להשוואת רצפים) אפשר לחפש במאגרי מידע של DNA אחר רצפים הדומים לרצף שלך. ה-BLAST הוא תוכנה, שמשווה בין רצפים במטרה לאתר דמיון (similarity) ביניהם. בעזרת התוכנה ניתן להשוות רצף נתון (שנקרא רצף הבקשה) אל מול אלפי רצפים אחרים במאגרי מידע בינלאומיים BLAST בסיסי). כמו כן ניתן להשוות בין רצף הבקשה ובין רצף נתון אחר (BLAST השוואתי). מאגרי המידע מכילים מידע עבור רצפי נוקלאוטידים (DNA, RNA) או חלבונים. כל מדען המאתר רצף חדש מעביר אותו למאגרי המידע, וכך מתעדכנים המאגרים ללא הרף. תוכנת ה-BLAST פותחה על ידי ה-NCBI והיא נגישה לכל באינטרנט.