- אנרגיה זו ניתנת רק לניצול מקומי, במקומות בהם היא קיימת. במקום בו אין מים באזור גבוה היכולים לזרום למקום נמוך, לא ניתן להקים תחנת כוח הידרואלקטרית.
- קיימת פגיעה בתוואי הקרקע. אזורים שלמים מוצפים מים כאשר מקימים סכר, ולעומתם מתייבשים אזורים אחרים.
- יש השפעה על דגי הסלמון, אשר אינם יכולים לטפס במעלה הנהר כדי להטיל את ביציהם.
- סך כל כמות האנרגיה שניתן להפיק בעולם באמצעות מתקנים הידרואלקטריים היא סופית, ומותנית בתנאי הסביבה.
