- אנרגיה זו ניתנת רק לניצול מקומי, במקומות בהם היא קיימת. מקור אנרגיה גיאותרמי קיים רק במקומות מסוימים, בהם קיימת פעילות בקרום כדור הארץ.
- יש להחזיר את המים החמים המגיעים מפנים כדור הארץ למקומם, כדי למנוע שקיעת קרקע, ולמנוע זיהום מי שתייה ממלחים במים החמים מהמעמקים.
- בדרך כלל נדרש קידוח עמוק לצורך התחברות למאגר החום התת-קרקעי. קידוח זה משפיע על הסביבה בזמן הקמת התחנה בלבד.
- נדרשת השקעת משאבים גדולה מראש, בשלב הקידוח והכנסת הצנרת. כל זאת לפני תחילת קבלת תפוקה ותיפעול שוטף.