בתהליכי בעירה נוצרות תחמוצות חנקן, המהוות אף הן גז, היוצר גשם חומצי. יש להקפיד למנוע את פליטתן.
שימוש ישיר בביומסה לבעירה הוא תהליך בלתי יעיל, הגורם לפליטת חומרים מזיקים רבים לאטמוספירה.
כריתת יערות בלתי מבוקרת, גורמת לפגיעה במאזן העדין של האקולוגיה על פני כדור הארץ.
עלות הפיכת חומרים אורגניים לדלק זמין (מתאן או אתאנול) גבוהה. דוגמה לכך שעדיין התהליך אינו כלכלי, ניתן ללמוד מהדוגמה של חברת Range Fuels במדינת ג'ורג'יה בארה"ב, שקיבלה מיליוני דולרים מהסקטור הפרטי ו 156 מיליון דולר במענקים והלוואות מממשלת ארה"ב, בשנת 2007. החברה הייתה מתוכננת להפיק מאות אלפי גלונים של אתנול ביום משבבי עץ. בשנת 2011 נסגרה החברה, מבלי שהצליחה להפיק אתנול כלל.
הבעיה העיקרית הייתה ונשארה: מציאת התהליך היעיל והזול, שימיר חומר אורגני – רצוי בעיקר מזבל (Trash), לדלק זמין.
