המרכזים הארציים פועלים במימון המל"מ ובשיתוף פעולה עם הפיקוח וההדרכה בכל תחום דעת. מרכזי המורים יוזמים  ומקיימים מסגרות שונות לפיתוח מקצועי של מדריכים, מורים מובילים וכלל אוכלוסיית מורי המדעים בתחומי הדעת השונים.
תחומי עבודת המרכזים הארציים:

  1. פיתוח חומרי הוראה וחומרי עזר למורים בתחומים מגוונים: חקר, פדגוגיות חדשניות, תקשוב, אבחון והערכה, מענה לשונות לומדים ועוד.
  2. תכנון וביצוע תוכניות להשתלמות מקצועית של מורים ומדריכים (קורסים, ימי למידה, ימי עיון),
  3. הטמעה – כולל תרגומים לערבית, השתלמויות מחוזיות ופעילות בפריפריה
  4. Reach-out: אתרי אינטרנט בעברית ובערבית, קיום כנס שנתי, פרסום כתבי עת ומערך דיוור ישיר.