חלקיק שיש בו לפחות שני אטומים הקשורים ביניהם בקשר קוולנטי (גזים אצילים מופיעים כמולקולות חד-אטומיות). המולקולה היא החלקיק הקטן ביותר המאפיין כימית את החומר. מולקולה המכילה אטומים מאותו סוג. היא מולקולה של יסוד. ומולקולה שבה יש אטומים מסוגים שונים היא מולקולה של תרכובת.
